Gerade wenn man denkst, die Wahrheit aufgedeckt zu haben, taucht sie in der actiongeladenen zweiten Season von Navy CIS: Los Angeles wieder unter. Special Agent "G" Callen (Chris ODonnell) kämpft gegen die Dämonen aus seiner Vergangenheit; gleichzeitig führt er sein Team, bestehend aus seinem ehemaligen Partner bei den Navy-SEALs, Sam Hanna (LL Cool J), Special Agent Kensi Blye (Daniela Ruah) und LAPD-Detective Marty Deeks (Eric Christian Olsen), bei der stürmischen Jagd nach gnadenlosen Terroristen, vermissten atomaren Sprengköpfen, entführten saudischen Erben und brutalen Menschenhändlern an. Um die Angelegenheiten noch komplizierter zu machen, verbirgt auch die OPS-Managerin Hetty Lange (Linda Hunt) ein paar Geheimnisse. Das führt dazu, dass sich das NCIS-Team die Frage stellen muss, wer der Jäger und wer der Gejagte ist.