Der eingebildete Löwe Alex, das vorlaute Zebra Marty, die ständig panische Giraffe Melman und die divenhafte Nilpferd-Dame Gloria sind die absoluten Stars im Zoo des New Yorker Central-Park. Doch Marty ist traurig:

Zu sehr beschäftigt ihn der Gedanke an die Freiheit. Und als er eines Tages zufällig hinter den Fluchtversuch einiger Pinguine kommt, ist er kurz darauf verschwunden. Als sich alle vier Freunde nach einer tierisch rasanten Flucht durch New Yorker U-Bahn-Netz, in Kisten verpackt auf einem
Schiff wiederfinden, sind sie Martys Wunsch "Zurück in die Wildnis" unfreiwillig näher, als sie glauben:

Vor der Küste der Insel Madagascar gehen sie erst über Bord, um gestrandet aus erster Hand zu erfahren, wie sich das wilde, neue Leben anfühlt.