La dérogation aux droits et libertés est l'une des zones claire-obscures du système africain des droits de l'homme. Ce sujet, réduit souvent au silence de la Charte africaine des droits de l'homme et des peuples (CADHP) qui ne consacre pas expressément une clause de dérogation, et à l'interprétation que la Commission africaine en a globalement faite comme une interdiction absolue de déroger, est loin de s'épuiser. La thèse ici défendue soutient que, en droit et en fait, la dérogation est possible à des droits et libertés dans le système africain des droits de l'homme et des peuples, le réel normatif et jurisprudentiel du droit de dérogation en Afrique fût-il incontestablement complexe. Concrètement, les droits nationaux des États africains consacrent tous le droit de dérogation. La CADHP et d'autres conventions africaines, sans certes consacrer une clause formalisée de dérogation, offrent cependant une matrice permettant de suspendre, pendant l'état d'urgence, des droits et libertés. Aussi la posture de la Commission africaine sur le sujet est-elle assez inconsistante et très critiquable. Elle n'est en tout cas pas celle des juridictions régionales africaines des droits de l'homme comme la Cour africaine des droits de l'homme ou la Cour de justice de la CEDEAO. A cela s'ajoute un principe général de droit, un droit coutumier et d'autres clauses conventionnelles de dérogation, certes non exclusivement africaines, mais liant certains États africains. Tout le défi est de coordonner ce droit de dérogation pluriel pour sa cohérence.